เมื่อร่างกายเรามีภาวะอาหารหรือดูดซึมอาหารที่ผิดปกติ มักทำให้เกิดปัญหาโรคหรือความผิดปกติต่าง ๆเช่น โรคลำไส้อักเสบ ภาวะตับอ่อนล้มเหลว โดยระบบย่อยอาหารนั้น มีหน้าที่เปลี่ยนอาหารที่เรารับประทานเข้าไปให้กลายเป็นพลังงานเพื่อให้ร่างกายได้นำไปใช้ รวมทั้งขับกากอาหารหรือของเสียออกนอกร่างกาย ผ่านทางทวารหนัก

สำหรับอาหารทางการแพทย์ที่เหมาะสำหรับกลุ่มผู้ที่ต้องการโปรตีนสูง ในอาหารทางการแพทย์ก็จะมีปริมาณโปรตีนที่สูงกว่าสูตรทั่วไปมาก และมีการเติมสารอาหารที่ช่วยส่งเสริมภูมิคุ้มกันและมีส่วนช่วยลดการอักเสบ จึงเหมาะกับผู้ป่วยที่มีความต้องการโปรตีนเพิ่มสูงขึ้นมาก เช่น โรคมะเร็ง ผู้ป่วยพักฟื้นจากการผ่าตัดใหญ่ ผู้ป่วยแผลไฟไหม้ บาดเจ็บรุนแรงเฉียบพลัน เป็นต้น

มีคนสงสัยว่า อาหารทางการแพทย์นั้น คนทั่วไปสามารถรับประทานได้หรือไม่ กล่าวคือ ทุกคนไม่สามารถใช้ได้ หากต้องการใช้อาหารทางการแพทย์ควรได้รับคำแนะนำจากแพทย์อย่างละเอียดเพื่อที่จะได้รับประทานอาหารอย่างถูกต้องและเหมาะสมต่อความต้องการของร่างกาย

อาหารทางการแพทย์ยังใช้ในการป้องกันการขาดสารอาหารในผู้ป่วยได้ มีส่วนช่วยลดอาการแทรกซ้อนต่างๆ ช่วยลดอัตราการเสียชีวิต เพราะถ้าร่างกายเกิดการขาดสารอาหารที่จำเป็นก็จะส่งผลทำให้ภูมิคุ้มกันลดลงตามไปด้วย เพราะฉะนั้น อาหารทางการแพทย์แม้ไม่ได้เหมาะสมกับทุกคน ถึงแม้ว่าจะมีประโยชน์ต่อร่างกาย แต่ก็ไม่ได้หมายความว่าทุกคนคุณซื้อหามารับประทานเพื่อเป็นอาหารสุขภาพหรืออาหารเสริมได้

อาหารทางการแพทย์ คืออาหารที่มีสุดพิเศษสำหรับความเจ็บป่วยเฉพาะที่ เป็นอาหารที่ใช้ภายใต้การควบคุมของแพทย์เท่านั้น โดยอาหารทางการแพทย์สามารถช่วยเหลือผู้ป่วยที่มีอาการแพ้อาการเบาหวานหรือมีปัญหาความผิดปกติของระบบทางเดินอาหาร หรืออาจจะเป็นผู้ที่มีปัญหาเกี่ยวกับระบบทางเดินอาหารหรือโรคไต ซึ่งมีความต้องการสารอาหารเฉพาะอาหารทางการแพทย์จึงสามารถเติมเต็มความต้องการนี้ได้ แต่ไม่สามารถใช้แทนยาได้